Depuis 2017, la FNCS est partie prenante du Programme d’amélioration continue du travail en équipe de soins primaires, fruit du partenariat entre la Haute autorité de santé (HAS), l'école de haute étude en santé publique (EHESP) et le ministère de la santé. Initialement destiné aux MSP, la FNCS a soutenu le déploiement d'un espace de formation spécifique pour les coordinateurs exerçant en centres de santé dont le cadre organisationnel diffère de celui des MSP. Initiée par l’Ecole de hautes études en santé publique, celle-ci "développe ce parcours diplômant en réponse à des besoins d’acquisition de compétences des professionnels en charge de soutenir les équipes de terrain, d’impulser et de structurer de nouvelles pratiques et organisations professionnelles sur le terrain."
Depuis son lancement, la formation PACTE-soins primaires CDS a été dispensée auprès des coordinateurs d'Ile-de-France (2017, 2020, 2023, 2025); Bourgogne-Franche -Comté (2020), Grand Est (2020), Nouvelle Aquitaine (2020), Bretagne (2021), PACA (2020, 2024) Guyane (2023), Hauts-de-France (2024), Occitanie (2024). En Ile-de-France, après 18 mois de formation organisée au siège de la FNCS, la 3ème session se termine par l'exercice de présentation des mémoires par les candidats à la soutenance. Une nouvelle formation sera lancée en 2025. C'est près de 200 professionnels qui ont été formés et outillés pour initier et faire durer les dynamiques d'équipe au service de la qualité.
La signature d'une convention de partenariat entre le ministère de la santé, l'EHESP et la FNCS formalise plusieurs années de coopération et de partenariat qui visent à professionnaliser les missions de coordination d'équipe pluriprofessionnelle.
