La FNCS fédère des gestionnaires de centres de santé, elle promeut et représente ces structures, accompagne les porteurs de projets de création de centres de santé et les centres déjà existant. 

La FNCS a participé à la négociation historique de l’Accord National en 2003 qui donnait aux centres de santé sa première convention avec la CNAM. 

La FNCS poursuit aujourd’hui auprès des caisses d’assurance maladie, des ARS, des institutions et des collectivités territoriales, son travail de fond afin de faire mieux connaître et reconnaître la pratique des centres de santé.